ในขณะที่สกัลลี่กำลังสุ่มเสี่ยงจะโดนปลดจากเอฟบีไอ การตามหาตัวเจ้าหน้าที่มัลเดอร์ที่หายตัวไปก็เริ่มต้นขึ้น